清代八旗军是统归朝廷直接管理的军队，最早为满族兵制，是以八种颜色的旗帜为标志来组编，兼有军事、政治和生产等职能为一体的“兵民合一”体制。到清太宗爱新觉罗·皇太极时，又在满人八旗之外增设了蒙古八旗和汉军八旗，合为二十四旗。清军入关后，这些八旗兵已经完全脱离农业生产，被分为禁旅（京营）八旗和驻防（地方）八旗，只从事军务，直属于国家。

绿营军的兵源是以招募汉人入伍和收编汉族地主武装组成，以绿旗为标志，以营为基本单位组编，是参照明朝卫所制而建立起来的汉族兵制。

八旗兵和绿营兵都实行薪给制，按月发放一定银饷和米粮。与元代在非蒙古军中设“达鲁花赤”作为监军官的作法有些类似。清代是以八旗军监管绿营军，所以八旗兵的银饷和武器装备都远远优于绿营兵，这是当时政治上的民族歧视政策在军制上的一种反映。

清代的政治体制多继承明代，这是因为他们此前没有统治中原的政治经验，这就得要借鉴汉人治理地方的一套成熟的政治制度。而在军事上，他们则根本瞧不起明朝军队从上到下的司、卫、所军事管理体制，认为这样的军事体制只能积弱畸零。所以，清朝一方面实行八旗兵和绿营兵制，另一方面在每占领一块地方后就陆续撤销明朝所设立的司、卫、所，建立起自己的军镇，让原来的卫所之兵去专管漕运。

军镇是地方军事管理机构，这是清廷继承自五胡十六国以来在北方地区所建立的一套地方军事管理体制。在那时，北方各政权都会在军事要塞之地驻扎军队及其家属，而且把这些军户与一般平民分开，把他们称为“镇民”，把所管辖的区域称“军镇”，长官称“镇将”，由镇将负责军镇之内的军事和民政，实行军事化管理。如北魏时期，就在南北边界均设有军镇，级别大约与南方地区所设州的行政级别相当。军镇之下设有副镇，长官称副将。这样的一套军事体制后来被唐代所继承，于边防要地大量设镇，并分为上镇、中镇、下镇，上镇设镇将，中镇设镇副录事，下镇设参军。

清朝的军镇与之前稍有不同，军镇只管军事，不管民政，而且只分总镇和协镇两级，除在省城必设外，还在各处关隘要地设立，分辖省内防务。

清朝总镇的兵力相当于现在的一个师，首领称“镇统”“都统”或者“总兵”，为正二品武官，接受提督巡抚的统辖，掌管本镇辖内军务。一般情况下，一个总镇除自己的兵力外，还可辖一至两个协镇；协镇的兵力相当于一个旅，首领称“协统”“协都统”或者“副将”，为从二品武官，接受提督巡抚和总兵统辖，掌管本协镇辖内的军务；协镇之下为标，兵力相当于一个团，首领称标统；标下为营，设游击；游击之下为汛，设“千总”；汛之下为棚，设“把总”。清朝在全中国设有总兵83名，统辖着中国当时18个省614个防营约63万绿营兵力。

清初的郧阳城内设有藩镇、道衙、府衙、县衙四级政权和行都司、卫、所三级军事单位。郧阳城作为郧阳藩镇的首府，所以只要是战争征调的后勤操办和镇、府衙门的物资保障，都是责令郧阳专责办理。尤其清初时捻军未靖，时常反复骚扰郧阳，再加上由李自成、张献忠和南明的残余势力所组成的“夔东十三家”就在郧阳附近，所以郧阳团练壮丁和增修战舰的防御无一日有缓。

郧阳协镇正式设于康熙八年（1669年）。此前清廷曾在郧阳城设过总镇，也在房县设过外镇和总镇，但都时间不长，或为临时侨置，或是名存而级低，根本达不到对外所宣称的实际权力和实力。

据《明史》记载，清顺治元年（1644年），荆襄一带虽因历年战争无人种地而严重缺粮，但田地里的野麦却自然生长而且旺盛，救活了无数穷人，被传为“太平之兆”。在郧阳，李自成的大顺军已断断续续攻城十余年了，而且自崇祯十五年（1642年）以来持续把郧阳城围困得水泄不通，巡抚徐起元和下荆南道高斗枢虽然还在率兵抵抗，但城内军民已不满三千。这一年，郧阳兵备道朱羽辩使了一个离间计，让攻郧的闯王之将路应彪和冯养珠二人自相攻杀，路应彪被冯养珠刺死，城中兵勇鼓噪而出，这才使大顺军溃退而去。顺治二年，当清军兵临城下时，郧阳城内军民才知道明廷已不复存在。这时的郧阳已无任何抵抗之力，徐起元只得率众归清。清廷仍命徐起元为郧阳巡抚，命原郧阳游击王光恩为郧阳行都司都指挥使，镇守郧阳。不久，郧阳左骑营部将王斌反叛，聚兵数千人占据了房县老寨。王光恩带兵讨伐，不久后平定叛乱。

顺治三年初，清廷定河南、江西、湖广三地官兵经制，明确四川总督不再辖湖广，复设湖广总督。湖广总督直接掌握的标兵分左、中、右三营，将领8人，共兵力3000人，手下领湖北巡抚、郧阳巡抚和偏沅巡抚。各巡抚直接掌握的标兵分左、右两营，将领和官兵设置比照江西巡抚手下标兵之例。在湖广总督之下又设提督，提督直接掌握的标兵分为五营，将领和官兵设置比照江西提督手下标兵之例。在湖广设三个总镇，三名总兵分别驻荆州、郧阳和长沙；再在湖广辰州设协镇，由副将领之。各镇标兵同样分为左、中、右三营，将领8人，兵员3000人。顺治三年四月，清廷宣布裁革郧阳巡抚，以湖广巡抚统辖郧阳，但随即又宣布作废。

顺治四年，清廷调郧阳巡抚徐起元入京任职，派潘士良继任郧阳巡抚。潘士良到任时，因当时辖内有战事，王光恩就没有按照接待封疆大吏的礼仪去码头迎接。王光恩原属明末农民军，绰号“小秦王”，于崇祯十一年归顺明廷，并在连续几年的郧阳保卫战中立下了赫赫战功。然而，他毕竟绿林出身，大字不识几个，哪里知道什么朝廷礼仪？但是，潘士良却不这样想，认为是王光恩有意怠慢他，于是一纸奏书八百里加急告到了朝廷。清廷派人持诏书拘囚了王光恩，并当即将他押赴进京。王光恩有两个弟弟，一个叫王光泰，一个叫王昌，都是王光恩从李自成军营中招来郧阳做了游击官并驻守襄阳的。当他们听说哥哥被朝廷抓走后，当即率众反叛，先杀襄阳官吏，再两个日夜赶至郧阳，杀了守备道刘开文、知府董有声、同知刘璇、推官孙扬声、知县赵丕承，还活捉了行都司都指挥使袁捷。接着又分兵郧阳府各县，杀死了所有县官。然后再聚兵房县，命郧县（今郧阳区）庠生李好生为房县知县。朝廷得知王光泰兄弟造反后，知道捅了马蜂窝，本打算放了王光恩以平息事端，但听说王光泰兄弟占领了郧阳府六县并杀死所有官员后，知道事情不可挽回，遂处斩了王光恩。

本来只是一个不大的礼仪之争，最终却演变成轰动朝野的惊天大案。于是，清廷紧急命湖广提督孙定远率师讨伐王光泰兄弟，两军交战于郧阳安阳口。孙定远劳师而来，又不知地利、不得人和，最终不仅自己阵亡，而且全军覆没。到顺治四年九月，朝廷才又派哈哈木率兵讨伐，一路追着王光泰等人至房县，双方大战于大垭，王光泰等人窜入巴东，又进入施州卫。顺治四年十一月，清军班师回京，朝廷晋奖立有战功的郧阳左营游击蒋崇武和右营游击吴士英，并命令他们好好驻守郧阳。

顺治五年，清廷诏令在房县设立外镇，以防王光泰兄弟再次犯郧。所谓外镇，是在京城之外设置长官督守的要镇，或者派遣镇抚地方的官员，此种做法古来有之。

顺治六年六月，李自成原部将刘二虎攻破羊角寨，房县知县李承矿阵亡。参将高士清遣部将官永正追赶至土地垭，救回李承矿的弟、孙、仆共四人，以及县印等物和所有被俘的男女。不久，朝廷鉴于房县是堵截“夔东十三家”的要塞，又批准改“外镇”为“总镇”，只设一个营，置参将一员，中军守备一员，千总一员，把总四员，级别和兵力却没有改变。

顺治九年，清廷裁撤郧阳行都司和房县总镇，将郧阳的房、竹两个守御千户所归并给襄阳卫管理。

顺治十一年（1654年），“夔东十三家”之一的郝永忠（摇旗，被李自成授“益国公”）盘踞房县、竹山县、竹溪县、保康县。清廷为加强郧阳武备，紧急把襄阳总镇移往郧阳，任命穆生辉任郧阳总兵。当年十月，郧阳布政司参议赵寿和总兵穆生辉率兵击败郝永忠，郝永忠逃进大山消失得无影无踪。

康熙元年（1662年），清廷撤湖广总督合并为川湖总督，诏令出兵讨伐郝永忠。康熙二年，川湖总督聚集秦豫楚蜀四省十万官兵会剿。当年正月庚午，秦豫总帅王正一、兴汉（兴安、汉中）总兵于奋起、河北总兵鲍敬等人出白土关取下竹溪县，又一路追抵房县，于赤土大破郝永忠，使其溃奔。三月，郧阳巡抚王来任、兵备道郎永清入房县犒师。六月，郝永忠被赶入蜀地。十二月，定西将军图海率秦豫官兵抵房县，督兵趋往巴东追剿。

康熙三年正月，清军俘获郝永忠，并将其斩之。至此，清廷以为郧阳从此无事，随即裁撤了郧阳藩镇。

康熙六年，清廷将房镇营改为协镇均房营，置副将一员，中军兼守备1员，营部驻均州，有千总4员，把总8员，戍兵2000名，其中1500名戍房，500名戍均。

康熙八年三月，驻郧的总兵移驻谷城。清廷随即在郧阳设协镇，又添设竹山营和竹溪营归郧阳协镇指挥，并各置游击1员，中军兼守备1员，千总2员，把总4员。

康熙九年（1670年），清廷在郧阳城内恢复下荆南道，衙门从襄阳移往郧阳，驻进郧阳巡抚留下的都察院内。

康熙十二年冬，吴三桂在云南叛清。康熙十三年三月十五日，谷城总兵杨来嘉响应吴三桂而举兵叛清。杨来嘉，福建福州人，初在明将郑经的麾下任都督，在康熙元年郑成功去世之后率部降清，被赐左都督，授湖广襄阳总兵官职，但他经常暗中派人向郑经表忠心。杨来嘉在谷城起兵公开反清后，被郑经授予将军一职，反复与清军战于均州、房县、南漳等处。后在重庆战败投降，死于被押送京师的途中。

吴三桂反叛后，清廷考虑到吴三桂有可能北上犯郧，急设郧阳提督和总兵，以佟国瑶为提督，以漳州人郭义为总兵，这实际上等于恢复了郧阳藩镇。佟国瑶，为清廷总理汉人事务的昴邦章京（汉语为大将军）、驸马爷佟养性之孙，于康熙九年被授予汉军八旗正蓝旗副都统。在康熙十二年受命任郧阳提督后，佟国瑶日夜兼程率师赶往郧阳，对外宣称“郧阳镇抚”，领有巡抚之责。康熙十三年三月十九日，郧阳协镇副将洪福和竹山游击谢泗同时反叛。洪福率闽兵据守郧阳城与佟国瑶对战。当时下着大雨，郧阳城中青壮年居民踊跃参战支援佟国瑶，兵民冒雨展开巷战，战斗十分惨烈，清军郧阳左营游击甘应龙当街阵亡，佟国瑶使出浑身解数才击溃洪福。不久，洪福又发动第二次进攻，鏖战数日后，洪福自知不敌佟国瑶，不得不败逃而去。当清廷接到战报后，加封佟国瑶为左都督。此时又传来消息，竹溪游击冯源也反叛，并接应杨来嘉和洪福先后逃往房县、竹山县、竹溪县。康熙十三年九月，谢泗攻打竹溪县峒崎山，因驻竹溪县的守备刘斌全力抵抗，谢泗久攻不克，遂离去。朝廷遂升刘斌为郧阳协镇副将。

康熙十四年，洪福率领诸叛将分五路犯郧，被佟国瑶逐路击败，斩叛军将领林跃等7人、兵数百。

康熙十五年五月，清廷正式恢复郧阳藩镇，以兵部尚书杨懋勋为右副都御史巡抚郧阳，提有抚标之兵共6600名。当年六月，镇安将军葛尔叹来郧阳城支援。九月，洪福结盟四川叛将谭弘等人再次犯郧，谭弘先占领郧西城，然后向郧阳城进发，屯兵于汉江北岸；洪福由均州骆驼岭前行，一路劫掠于汉江以南，二人相互声援。佟国瑶分兵抵御，以副将四十六（人名）率满汉官兵击退洪福。佟国瑶则率副都统赛格进剿谭弘，双方大战于汉江北圩坪沟、黄畈、九里冈，直到夺回郧西城，焚毁和夺取叛军舟船和军械无数。洪福不甘心失败，复遣兵埋伏于汉江两岸，以三十余只小舟顺江而下，泊于郧城之东二十里的琵琶滩，截断郧阳与均州之间的运道为寨。杨懋勋派人前往琵琶滩招抚洪福未果，于是提督佟国瑶、巡抚杨懋勋、守备道噶尔汉、副都统李林隆等人统率满汉大军沿汉江两岸分水陆并进，擒斩叛军无数，洪福逃遁，郧阳粮道复通。清廷追加佟国瑶一等爵位，授太子少保。佟国瑶把朝廷给自己的赏赐全部捐出，用于赈济受灾的郧阳军民。

康熙十七年，佟国瑶派守备张国斌讨伐杨来嘉和洪福于房县，一举收复房县，俘获叛军将领52人，缴获官印12枚、札牌24道，并乘胜追击收复了保康。

康熙十八年，佟国瑶与噶尔汉等人攻打被叛军占据的兴安城（安康），久而不下，朝廷一怒之下削去佟国瑶一等爵位。当年六月，又授佟国瑶为福建将军，要求他立刻离开郧阳。佟国瑶卒于康熙二十八年，谥忠悫。乾隆初年，其被追封为二等子爵。

康熙十九年，整个湖北和四川的混乱局面被彻底平定，清廷终于下决心裁撤开设了204年的郧阳藩镇。巡抚杨懋勋在离开郧阳之前，请求朝廷保留郧阳协镇，并在房县设立总镇，设总兵1员，游击3员，守备3员，千总6员，把总12员。清廷全部照准。

康熙二十年，房县总镇被裁撤，改为参将府，置参将1员驻房县，手下设守备1员，千总1员，把总2员，马步战守兵共300名，仍隶属于均房营，归襄阳总镇统辖。

康熙二十一年，清廷裁革郧阳提督，在郧阳专设协镇，兼辖竹山、竹溪二营，置副将1员、中军都司1员、左右两营守备各1员、千总4员、把总8员。至此，郧阳协镇进入常态，只是属下的武官设置时有增减。历年来增减情况为：

康熙二十八年（1689年），裁右营守备1员；雍正七年（1729年），添设郧阳协镇外委千总、把总共6员，添设竹山营外委千总1员、外委把总2员；乾隆十七年（1752年），裁郧阳右营千总1员；乾隆二十七年（1762年），添设郧阳协镇额外外委3员，马步战守兵1600名，不久又裁掉912名，留688名，同时裁掉分驻保康的协标守备1员、右营把总1员、外委把总1员、拨马步战守兵123名，裁掉分驻郧西的协标左营千总1员、把总1员、外委把总1员，拨马步战守兵67名，又添设竹溪营额外外委1员、马步战守兵800名；乾隆五十八年（1793年），裁竹山营把总1员，拨马步战守兵800名，后来该营历裁兵共315名，存兵485名。

外委是清代才有的一种额外委选低级武官的制度，分外委千总和外委把总，比把总的级别还低，相当于现在的副连级和排级。外委又分经制外委和额外外委两种，经制外委是纳入编制序列的低级军官，军饷由朝廷发放；额外外委没有正式编制，薪饷由地方官府发放。

嘉庆初年，郧阳爆发了白莲教之乱，战火一直延烧了9年。嘉庆七年，清廷改郧阳协镇为总镇直到清末。（黄忠富）